El Cristo de Benvenuto Cellini, situado en la capilla de los Santos Padres, a la izquierda de la Basílica, es obra de uno de los escultores más sobresalientes del manierismo, tanto en mármol como bronce, y una de las maravillas que se conservan en el Monasterio. El Cristo es una pieza escultórica única en su género, cincelada en mármol blanco de Carrara sobre una cruz de mármol negro también de Carrara, superpuesta sobre otra de madera. Fue regalo del gran duque de la Toscana Francisco I de Medici, en 1576 al rey de España, Felipe II, y enviada desde Florencia al Monasterio de El Escorial.
Es un Cristo sugerente, idealista, contenido; ofrece la imagen divina a través de formas bellas y elegantes del Renacimiento. Es un cuerpo de tamaño natural, 184 centímetros de altura y 186 centímetros de envergadura, La anatomía está realizada con un gran realismo y completamente desnudo, hoy cubierto con un paño de pureza. La cabeza del Cristo, sin corona de espinas, inclinada hacia la derecha deja entrever la tragedia de la muerte, es una cabeza bella en extremo, llena de finura, la barba muy cuidada, el pelo en mechones estructurados en dos partes, la comisura de los labios deja entrever unos dientes esculpidos. La mirada del espectador recorre todo el cuerpo para centrarse en la cabeza.